1.水蛭生活在有限的区域。
水蛭虽然分布广泛，在世界各地都能找到，但真正能安居乐业的地区却相当有限。它们更适合只生长在北纬30-40度之间的地区，水流平缓，杂草丛生，水温在10-30度之间。
2.水蛭生存环境的恶化
蚂蟥的生存环境被人类无情地破坏，所生活的湖泊、河流、湿地被人类污染，所生活的农田、池塘也被化肥、农药污染，使得蚂蟥失去了生存区域，其他因素导致蚂蟥资源越来越稀缺。
3.人们不分青红皂白的逮捕
近年来，由于水蛭的价值不断上升，人们过度捕捞，严重破坏了水蛭的自然繁殖。近两年，人们开始捕捉幼小的蚂蟥，这也是蚂蟥资源枯竭的原因。
4.水蛭的独特性
根据药典规定，药用水蛭只有三种，包括水蛭科：毛水蛭、菲律宾水蛭和日本水蛭，可以入药。据说这三个品种是中国特有的，所以水蛭资源更加珍贵和稀缺。
